我的環境配置：Windows 10、Unity 5.3.4f1。
 
 
在 Unity 中，可以將場景中的 GameObejct 製作成 Prefab，以便之後使用。
 
若有在 GameObject 中進行修改的話，也可以按下 Apply 按鈕，將修改過後的 GameObject 覆蓋掉舊的 Prefab
image01.jpg
 
 
但在 Unity 運作中時，想要針對調整好數值的 GameObject 執行 Apply Prefab 時，應該怎麼做呢？因為 Apply 按鈕消失了。
 
這邊可以使用 GameObject > Apply Changes To Prefab
image02.jpg
 
 
或者也可以自行撰寫腳本，來執行 Replace Prefab，自行撰寫腳本有個好處，就是可以同時 Replace 多份 Prefab，但這也是有缺點的，所以必須小心使用！
 
以下為 Replace Prefab 的腳本，該腳本可以選取多個 GameObject 同時進行 Replace 的動作
　
using UnityEngine;
using UnityEditor;
using System.Collections.Generic;


/// <summary>
/// 該工具是用來協助 Replace Prefab 的, 
/// 因為該工具引用到 UnityEditor, 
/// 所以必須存放在 Editor 資料夾內. 
/// </summary>
public class AutoReplacePrefab
{
	[MenuItem( "MyTools/ReplacePrefab/ConnectToPrefab" )]	
	private static void ReplacePrefab_ConnectToPrefab()
	{
		// 該陣列是存放已經執行過 Replace 的 GameObject, 
		// 目的是避免同一個的 GameObject 執行了多次 Replace, 
		// 造成系統資源的浪費. 
		List<GameObject> listGameObject = new List<GameObject>();


		// 開始執行 Replace, 這邊程式也會自動判斷是否重複 Replace 同一個物件, 
		// 是的話則會跳開, 避免資源浪費. 
		for ( int i = 0; i < Selection.objects.Length; i++ )
		{
			// 找 GameObject 最在場景中的源頭父層, 
			// 這邊其實也可以使用 PrefabUtility.FindPrefabRoot 去得取物件的源頭, 
			// 但 PrefabUtility.FindPrefabRoot 有時候會因為物件與父層的連結斷開, 
			// 導致搜尋結果是錯誤的, 所以這邊我們自己手動搜尋. 
			GameObject gobjRoot = Selection.objects[i] as GameObject;
			while ( true )
			{
				GameObject gobj = PrefabUtility.GetPrefabParent( gobjRoot ) as GameObject;

				if ( gobj != null && gobj == PrefabUtility.FindPrefabRoot(gobj) )
					break;

				if ( gobjRoot.transform.parent == null )
					break;
				
				gobjRoot = gobjRoot.transform.parent.gameObject;
			}

			// 檢查該 GameObject 是否存在紀錄中, 若回傳值不為 -1, 
			// 則表示該 GameObject 已經執行過 Replace 了, 
			// 所以跳過該次迴圈, 不重複 Replace. 
			if ( listGameObject.FindIndex(d=>d.GetHashCode() == gobjRoot.GetHashCode()) != -1 )
				continue;

			// 若該物件無 Prefab 或者 Prefab Root 不正確的話,
			// 也跳出迴圈, 不繼續執行. 
			GameObject target = PrefabUtility.GetPrefabParent( gobjRoot ) as GameObject;
			if ( target == null || (target != PrefabUtility.FindPrefabRoot(target)) )
				continue;

			// 紀錄已經執行過 Replace 的 GameObjec
			listGameObject.Add( gobjRoot );

			// 開始覆蓋 Prefab
			PrefabUtility.ReplacePrefab( gobjRoot, target, ReplacePrefabOptions.ConnectToPrefab );

			// 以下 Log 是可以關閉的
			Debug.Log( string.Format( "{0} 使用 {1} 的方式覆寫了 {2}", gobjRoot.name, ReplacePrefabOptions.ConnectToPrefab.ToString(), target.name ) );
			Debug.Log( string.Format( "GameObject {0} 位置", gobjRoot.name ), gobjRoot );
			Debug.Log( string.Format( "Prefab {0} 位置", target.name ), target );
			Debug.Log( "" );
		}
	}
}
　
 
ReplacePrefabOptions 參數說明

ReplacePrefabOptions.Default：意思等同於 ReplacePrefabOptions.ReplaceNameBased。

ReplacePrefabOptions.ReplaceNameBased：意思為，將 GameObject 有修改的部分，直接在指定的 Prefab 裡面執行添加或移除，因為是使用直接添加或移除的方式，所以 GameObject 粗體字的數值部分不受 Prefab 影響。

ReplacePrefabOptions.ConnectToPrefab：意思等同於 Unity 的 Apply 按鈕，一樣是將 GameObject 與 Prefab 做同步，因為是使用同步的方式，所以 GameObject 的數值就會受 Prefab 影響了，大家會發現粗體字的數值部分都沒了。

 
PS：GameObject 的數值是否會受 Prefab 影響，這邊可以藉由該數值是否為粗體字來得知。詳細介紹可觀看 "GameObject 與 Prefab 的關聯性"。
PS：因為 Default 與 ReplaceNameBased 的用法較為特殊，所以這邊建議使用 ConnectToPrefab 即可。
PS：因為該工具引用到 UnityEditor，所以必須存放在 Editor 資料夾內。
PS：以上為我的測試結果，如有錯誤歡迎指正，謝謝。
 
 
下面有提供更完整的 AutoReplacePrefab.cs 腳本下載，下載腳本後，放在 Editor 資料夾內即可使用，若無該資料夾，可以直接建立一個
image03.jpg
 
 
使用方法為，直接選取需要 Replace 的 GameObject
image04.jpg
 
 
接著執行 MyTools > Replace > ConnectToPrefab 或任一選項即可
image05.jpg
 
 
這邊需要注意！不可以將需要 Replace 的 GameObject 放在另一個需要 Replace 的 GameObject 底下！
以下是錯誤的！因為 GO_1、GO_2、GO_3 都是擁有各自的 Prefab，若是這樣選取並 Replace 的話，會造成不可預期的錯誤！
image06.jpg
上面圖片可以看到，我把 GO_3 掛到 GO_2 底下，再把 GO_2 掛到 GO_1 底下，接著我全選了所有物件，執行 Replace。但系統卻是先執行 GO_2 的 Replace。之後才執行 GO_1，這導致 GO_2 的 Prefab 被修改了！
 
所以說，若真有這需求的話，請直接點選 GO1 執行 Replace 就好，避免出現非預期的情況發生。
 
我想 Unity 官方沒有提供多個 GameObject 同時 Replace 的功能，應該也是基於這個原因吧？！
 
 
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